Trường THPT Con Cuông được thành lập từ tháng 10 năm 1967 với tên gọi ban đầu là Trường Phổ thông cấp 3 Con Cuông. Qua các lần đổi tên, đến tháng 8 năm 2013 trường có tên gọi là Trường THPT Con Cuông.